传统的鹿茸干燥工艺中包含煮炸、烘烤、日晒等加热处理步骤，会造成鹿茸中营养物质的流失及其生物活性的破坏。
冻干技术是能够保持鹿茸中营养成分活性的先进干燥工艺。鲜鹿茸的平均含水量为70%以上。鹿茸共晶点温度在-12～-18℃之间，确定平均值为-15℃；而共熔点温度确定为-13℃。
冻干鹿茸鹿茸冻干机设备加工冻干鹿茸工艺流程：取茸-切片-冻干（预冻-升华干燥-解吸干燥）-包装。
主要工艺如下：
1）切片：薄片厚度在1~2mm;
2)预冻：由于鹿茸的共晶点温度为-15℃,而搁板与物料间的温度差为10～15℃,所以搁板的温度被设定为-30℃。冻结阶段耗时1.5h,冻结的鹿茸片的温度约-25℃。
3)冻干：箱体冷却停止后，利用加热装置加热，使箱内地板温每小时升温10℃左右，直至60℃，约20～25小时可达到干燥目的。加工花二杠茸时，因其质嫩，板温每小时要升温20℃左右，直至55℃，干燥时间为18～20个小时。
4)包装：称重分装，密封避光包装。